宏基因组学又称为环境基因组学，是指对某一特定环境中微生物基因组进行分析，将获得的微生物组总DNA随机打断成短片段，并构建合适长度的插入片段文库，对这些文库进行双端高通量测序，研究环境微生物的功能活性、多样性、种群结构、进化关系以及它们与环境之间的关系。宏基因组测序具有通量高、速度快、信息全等特点，在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势。
| 分析内容 | ||
|
原始数据预处理和质量控制 序列组装拼接 基因预测与功能注释 基因预测及去冗余 KEGG/EggNOG/CAZy蛋白功能注释 功能差异分析/比较分析/聚类分析 共有-特有KEGG代谢通路分析 物种注释与组成谱分析 物种注释/差异分析/聚类分析 MEGAN/GraphIAn可视化展示 物种互作网络关联分析 SourceTraker分析 |
特定数据库的注释分析 分泌蛋白/T3SS预测分析 PHI/VFDB/MvirDB/ARDB/CARD数据库注释分析 Alpha和Beta多样性分析 Alpha多样性分析 Bray-Curtis PCoA/NMDS/UPGMA/PCA分析 共有功能/物种类群分析 功能-物种一致性分析 生物标志物筛选 LEfSe分析 RDA/CAP/PLS-DA分析 PERMANOVA/ANOSIM分析 随机森林分析 |
|
肠道菌-胆汁酸-IL22轴调控多囊卵巢综合征发病
本研究收集了 43 名健康对照人群和 50 名 PCOS患者的粪便样本，进行宏基因组测序，同时收集血清样本进行胆汁酸检测，结果表明PCOS 患者普通拟杆菌 ( B. vulgatus ) 丰度显著升高导致肠道菌群异常，胆汁酸代谢是影响PCOS 患者肠道菌群异常的重要通路，胆汁酸通过肠道 ILC3 的 GATA3 通路刺激 IL-22 分泌，进一步促进白色脂肪棕色化以及抑制卵巢局部炎症改善PCOS表型。
关注微信公众号
央视《匠心》栏目视角看迈杰转化医学
English
