单细胞测序即single cell sequencing（SCS），可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。
对个体细胞的DNA测序可以帮助我们了解例如在癌症中的小范围细胞的变异；进行RNA测序则有助于我们了解和鉴别不同的细胞类型与其表现的基因，对研究发育生物学等有较大裨益。帮助我们在单个细胞水平上，对基因组、转录组以及表观基因组水平进行精准的研究。
与传统的全基因组测序多细胞水平相比，单细胞测序不仅测量基因表达水平更加精确，而且还能检测到微量的基因表达子或罕见非编码RNA，其优势是全方位和多层次的。
单细胞测序技术可以检测复杂组织中单个细胞不同的生物学特性，这可以极大的帮助我们进一步了解细胞与细胞之间的差异。
这幅图正是来自于在2018年 4月Science 杂志发表的三篇来自哈佛医学院和哈佛大学的研究人员关于单细胞基因测序文章中的一幅结果图， Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。这几篇文章使用多种检测技术组合，其中包括对数千个发育中的斑马鱼和青蛙胚胎单细胞测序，在胚胎发育最初的24小时内追踪单个细胞的发育情况，可以揭示出胚胎细胞何时何地转变为新的细胞状态和类型并向我们展示了组织和整个机体从单细胞发育的完整历程。
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