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CircRNA测序

CircRNA测序介绍

  • CircRNA(Circular RNA),是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴、并以共价键形成稳定闭合环状结构的非编码 RNA 分子。 CircRNA 广泛存在于生物细胞中,对 miRNA 起重要的调控作用,进而调控基因表达。随着高通量测序技术的发展, CircRNA 在多种真核生物体内被大量鉴定出来,利用高通量测序技术,对生物样本中的CircRNA 进行鉴定、表达丰度检测及结构分析,是 RNA 领域的研究热点,推动更深入的基因表达研究。

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方案设计

CircRNA实验设计为差异比较,常见的类型是实验组与对照组进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析。然后对差异的circRNA来源基因进行预测和富集分析。

分析内容

分析内容
原始数据整理、过滤及质量评估
参考基因组注释信息整理
比对到参考基因组及结果评估
CircRNA筛选鉴定
CircRNA注释
CircRNA表达量统计
不同表达区间cicrRNA数量统计
cicrRNA表达量密度分布
样品相关性检测
PCA分析
CircRNA差异表达分析
多组差异表达分析
差异cicrRNA聚类分析
差异cicrRNA趋势分析
CircRNA来源基因分析
差异circRNA GO富集分析
差异circRNA KEGG富集分析
CicrRNA与miRNA互作分析
基因组圈图
组间共有特有差异cicrRNA可视化
可视化平台搭建
共表达网络分析
cicrRNA-mRNA-miRNA联合分析

案例解析

CircRNA在肌细胞分化过程中的作用

本研究通过RNA-Seq筛选人和老鼠(C2C12)肌母细胞分化成肌管细胞(myotubes )过程以及肌营养不良症状态下差异表达的circRNA,然后利用RNA干扰(RNAi)技术找到在肌肉分化过程中起作用的circRNA。并且发现其中一个circRNA序列中含有开放阅读框从而又进一步证明其具有编码蛋白的能力。

图片2
哺乳动物肌细胞分化中circRNA的注释

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